PENAMBATAN SENYAWA ANTIVIRUS POTENSIAL SEBAGAI ANTI-COVID-19 PADA RESEPTOR NSP3 MACRODOMAIN

DWI CAHYANI, AMELYA (2021) PENAMBATAN SENYAWA ANTIVIRUS POTENSIAL SEBAGAI ANTI-COVID-19 PADA RESEPTOR NSP3 MACRODOMAIN. Sarjana thesis, STIKes BTH Tasikmalaya.

	Text (Cover dan Abstrak) Cover dan Abstrak.pdf Download (766kB)
	Text (BAB I - BAB V) BAB I - BAB V.pdf Restricted to Repository staff only Download (14MB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf Download (1MB)

Abstract

Abstrak Covid-19 dinyatakan sebagai pandemi global dan hampir menyerang semua negara di dunia. Penyebab Covid-19 yaitu SARS-CoV-2 yang memiliki kemampuan penyebaran sangat mudah. Berdasarkan data dari WHO sampai 30 Mei 2021 terdapat 169.597.415 kasus Covid-19 yang terkonfirmasi termasuk 3.530.582 kematian. Reseptor NSP3 Macrodomain merupakan salah satu reseptor Covid-19 yang berperan dalam replikasi virus dan penurunan imun inang. Favipiravir, Hidroksiklorokuin, Klorokuin, Lopinavir, Oseltamivir, Remdesivir, Ribavirin, Ritonavir, dan Umifenovir telah diketahui memiliki aktivitas sebagai antivirus sehingga untuk menambah informasi tentang kemampuan 9 senyawa antivirus tersebut sebagai ligan anti-Covid-19 pada reseptor NSP3 Macrodomain maka dilakukan uji in silico terhadap reseptor NSP3 Macrodomain. Pada penelitian ini dilakukan molecular docking 9 senyawa antivirus terhadap reseptor NSP3 Macrodomain dengan menggunakan software AutoDock Tools 1.5.6. Terdapat 5 kode PDB dari reseptor NSP3 Macrodomain yang valid digunakan pada metode docking yang digunakan dalam penelitian ini diantaranya kode PDB 6W6Y, 6WCF, 6Z5T, 7JME, dan 7KG3. Masing-masing kode PDB tersebut memiliki ligan alami yang kemudian dipisahkan menggunakan Molegro Molecular Viewer. Pengamatan visual interaksi 9 senyawa antivirus dengan reseptor NSP3 Macrodomain dilakukan dengan menggunakan Discovery Studio Visualizer. Hasil dari penelitian ini adalah ligan uji (senyawa antivirus) hampir seluruhnya memiliki aktivitas antivirus yang lebih baik daripada ligan alami dari masing-masing kode PDB reseptor NSP3 Macrodomain, kecuali lopinavir pada 6WCF dan favipiravir pada 7JME. Hal ini dilihat dari nilai binding energy, dimana semakin kecil nilai binding energy maka afinitasnya semakin besar. Senyawa yang memiliki nilai binding energy terendah (afinitas terbaik) yaitu umifenovir pada kode PDB 6W6Y, 6WCF, 6Z5T serta ritonavir pada 7JME dan7KG3. Kata Kunci : In Silico, Anti-Covid-19, Molecular Docking, NSP3 Macrodomain. Abstract Covid-19 is declared a global pandemic and affects almost all countries in the world. The cause of Covid-19 is SARS-CoV-2 which has very easy spread. Based on data from WHO until May 30, 2021 there are 169.597.415 confirmed cases of Covid-19 including 3.530.582 deaths. The NSP3 Macrodomain receptor is one of the Covid-19 receptors that plays a role in virus replication and decreased host immunity. Favipiravir, Hydroxychloroquine, Chloroquine, Lopinavir, Oseltamivir, Remdesivir, Ribavirin, Ritonavir, and Umifenovir have been known to have antiviral activity so to add information about the ability of these 9 antiviral compounds as anti-Covid-19 ligands at NSP3 Macrodomain receptors, an in silico test was conducted. In this study, the molecular docking of 9 antiviral compounds was carried out against the NSP3 Macrodomain receptor using AutoDock Tools 1.5.6 software. There are 5 PDB codes from the NSP3 Macrodomain receptor which are valid for the docking method used in this study including the PDB code 6W6Y, 6WCF, 6Z5T, 7JME, and 7KG3. Each PDB code has a natural ligand which is then separated using the Molegro Molecular Viewer. Visual observation of the interaction of 9 antiviral compounds with the NSP3 Macrodomain receptor was carried out using the Discovery Studio Visualizer. The results of this study were that almost all of the test ligands (antiviral compounds) had better antiviral activity than the natural ligands in the PDB codes of NSP3 Macrodomain receptor, except for lopinavir at 6WCF and favipiravir at 7JME. This can be seen from the binding energy value, the smaller the binding energy value, the greater the affinity. Antiviral compounds that have the lowest binding energy value (best affinity) are umifenovir at PDB code 6W6Y, 6WCF, 6Z5T and ritonavir at 7JME and 7KG3. Keyword : In Silico, Anti-Covid-19, Molecular Docking, NSP3 Macrodomain. Oleh: Amelya Dwi Cahyani 31117103

Actions (login required)

View Item